Em julho de 2004, a Infraero inaugurou a área de desembarque internacional, primeiro passo para que o aeroporto fosse oficialmente internacionalizado. A internacionalização foi oficializada em novembro do mesmo ano.

O Estado de Santa Catarina possui três aeroportos administrados pela Infraero – Florianópolis, Joinville e Navegantes. Agora dois deles são aeroportos internacionais.

A internacionalização do Aeroporto de Navegantes atende ao pedido do trade turístico de Santa Catarina que quer atender à demanda por vôos internacionais, especialmente os fretados para a região do Vale do Itajaí, que reúne as cidades de Blumenau, Pomerode, Timbó, Indaial, Gaspar, Rio do Sul, Apiúna e Rio dos Cedros. Além das badaladas praias de Balneário Camburiu, Piçarra e Penha.

As obras de modernização ampliaram o terminal de passageiros, que conta com 5,2 mil metros quadrados e o acesso viário.